Oma lippu on järjestön tärkeä tunnus. Marttaliitto sai oman lippunsa vuonna 1949, kun marttapiirit lahjoittivat lipun liiton 50-vuotisjuhlan kunniaksi.

Omasta lipusta oli haaveiltu järjestössä jo pitkään, mutta hanketta ei kuitenkaan ollut toteutettu. Niinpä marttapiiriliitot päättivät teettää liitolle lipun 50-vuotislahjaksi. Lipun suunnittelijaksi valittiin taiteilija Eva von Weissenberg, joka oli itsekin martta. Lippu teetettiin Suomen Käsityön Ystävillä.

Lipussa on sinisellä silkkikankaisella pohjalla hopeanharmaalla kirjottu marttamerkki. Lipun koko on 1,2 x 1,6 metriä.

Marttalippu vihittiin käyttöön 10. kesäkuuta 1949 Marttaliiton valtuuskunnan kokouksessa. Lipun paljastanut Marttaliiton johtokunnan ensimmäinen puheenjohtaja Helmi Nylander lausui tilaisuudessa:

Olkoon tämä lippu merkkinä kaikesta puhtaasta, kauniista ja jalosta, mitä martta-aate itseensä kätkee, ja kulkekoon se marttajoukon edellä viittoen tietä eteenpäin ja ylöspäin. Tuntekoon jokainen martta velvoittavana oman osuutensa tässä suuriarvoisessa, kauaskantoisessa työssä Suomen kotien onneksi. Saakoon marttayö tämän lipun alla kulkea valoisaa tulevaisuutta kohti.

Lipun julkinen luovuttaminen tapahtui Messuhallissa 50-vuotisjuhlassa.

Lipusta on teetetty pöytälippuja ja viirejä. Pöytäliput ovat poistuneet käytöstä, mutta viirejä tehdään edelleen. Viirit ovat myös yhdistysten käytössä. Yhdistykset voivat luovuttaa pöytäviirin tärkeissä tilaisuuksissa jäsenilleen tai yhteistyökumppaneilleen.

Myöhemmin myös marttapiirit ovat hankkineet itselleen omia lippuja. Lipussa on marttamerkin lisäksi jokin piiriliiton toimintaa kuvaava vaakuna. Ensimmäisenä piiriliitoista liput valmistivat itselleen Kymenlaakson ja Varsinais-Suomen Marttapiirit.

Marttaliiton hallitus päätti 1970-luvun lopulla teettää piiriliittoja varten yhtenäisen lippusuunnitelman. Tarkoituksena oli saada piiriliittojen liput valmiiksi järjestön 80-vuotisjuhlia varten vuonna 1979.