Kaikki vieraslajit eivät ole haitallisia. Monet aiheuttavat kuitenkin huomattavaa haittaa ympäristölle ja luonnon monimuotoisuudelle syrjäyttämällä alueen alkuperäislajistoa. Juuri erilaiset haitalliset vieraat kasvi-, eläin- ja eliölajit ovatkin suurin uhka lajien monimuotoisuudelle ja aiheuttavat lajikatoa, ihmisen maankäytön lisäksi.

Vieraat kasvilajit kilpailevat alueen alkuperäisen lajiston kanssa ja muuttavat alueen ekosysteemiä alkuperäisille lajeille epäsuotuisiksi. Hyvänä esimerkkinä komealupiini, joka typensitojakasvina muuttaa maaperää rehevöittämällä sitä niin, ettei alkuperäiskasvit voi siinä enää elää. Tatarkasvustojen keinona taas on peittää maa tiiviillä kasvustolla ja tukahduttaa alleen pienemmät kasvit. Japanintatar myös erittää maahan muiden kasvien kasvua tai siementen itämistä haittaavaa yhdistettä. Siksi ne kannattaa torjua omastakin puutarhasta.

Ne voivat myös muuttaa alkuperäisen lajin geeniperimää risteytymällä niiden kanssa. Luonnossa elävistä kasveista esimerkiksi paimenmatara risteytyy keltamataran kanssa, jolloin geneettisesti puhdas keltamatara harvinaistuu. Risteytyksen tuloksena syntyvä piennarmatara luokitellaan haitalliseksi vieraslajiksi ja keltamatara puolestaan vaarantuneeksi. Jättipalsamin valttikorttina kilpailussa on tarjota sokeripitoisempaa mettä, kuin alkuperäisillä luonnonkasveillamme ja tämä vaikuttaa suoraan esimerkiksi meidän marja- tai hedelmäsatoomme, tai luonnonkasvien häviämiseen, kun siementuotanto hiipuu.

Vieraslajit saattavat itse olla myös kasvintuhoojia kuten espanjansiruetana. Muutamat lajit myös kuljettavat mukanaan kasvitauteja tai loisia, jolloin niistä on sekä taloudellista että terveydellistä haittaa.  Tehokkaasti lisääntyvien ja leviävien vieraslajien menestystä selittää usein se, että uudella alueella niiltä puuttuu luontaiset viholliset, jotka pitivät niiden leviämisen kurissa alkuperäisellä esiintymisalueella.

Taloudellista haittaa vieraslajeista koituu erityisesti maa- ja metsätaloudessa torjuntakustannuksina ja satotappioina. Laajat, vaikeasti torjuttavat vieraslajikasvustot saattavat myös alentaa kiinteistöjen myyntiarvoa. Terveyshaittaa ihmisille aiheuttavat jättiputket, joiden kasvineste voi iholle päästessään aiheuttaa palovamman reagoidessaan auringon uv-säteilyn kanssa.

Vieraslaji voi aiheuttaa haittaa erityisesti jossain tietyssä elinympäristössä. Merkittävä ekologinen haitta syntyy, kun kurtturuusu valtaa rannikoilla uhanalaisia luonnonhiekkarantoja. Alueen virkistyskäyttö on uhattuna, kun piikikäs kurtturuusu leviää yleiselle uimarannalle. Vesistöissä erityisesti kanadanvesirutto aiheuttaa haittaa suurilla kasvustoillaan ja vaikeuttaa veneilyä, kalastusta ja uimista.